2001年國家科技部提出，“十五”期間科技體制改革的核心是實施課題制管理，目標是確立課題主持人的準法人地位，以課題主持人為第一責任人、課題組為行動單元對課題的組織、申報立項和實施進行管理，充分放活課題組的自主權，由此充分調動科技人員的主動性、積極性和創造性，加快科技創新及科技成果產業化步伐，逐步建立與國際接軌的科研管理體制。本辦法制定的依據是國家和省各類課題的管理辦法，以及1999年《中共中央國務院關于加強技術創新，發展高科技，實現產業化的決定》、中組部、人事部人發（2000）78號文件《關于加快推進事業單位人事制度改革的實施意見》、中組部、人事部、科技部聯發文（2000）30號《關于深化科研事業單位人事制度改革的實施意見》、云南省人事廳云人（2000）42號《云南省人事廳關于印發〈云南省事業單位聘用制試行辦法〉和〈云南省事業單位人事制度改革實施意見〉的通知》、云人（2000）7號《關于事業單位人事制度改革若干問題的補充意見》、中共云南省農業科學院黨委院黨字（2002）30號《關于印發〈云南省農業科學院推進人事制度改革實行全員聘用制的實施意見〉通知》、國辦發（2002）《國務院辦公廳轉發科技部等部門關于國家科研計劃實施課題制管理規定的通知》的文件精神，同時參照了省內外部分大學和科研院所已經實施的課題管理辦法制訂的。

 本所按照國家相關規定，參照國內外有關機構的辦法，自2001年開始試行課題制管理，2004年，根據新的研究所調整和有關文件精神修訂了試行辦法。課題制的實施，極大地調動了課題負責人及廣大科技人員的積極性，在2006、2007年度院對各所高層次論文及成果配獎中，本所占到近50%的份額，2008年度到位科技經費首次突破1000萬元，接近1200萬元，科技人員人均年度科技經費約20萬元，科技創新能力得到大幅度提高，干事創業的基礎進一步增強。但是，“十一五”以來，國家和省對科技項目的管理改革進一步深化，首先是強化了各類科技項目的預算、決算管理，以及對重大專項項目開展了延伸審計；第二是有固定工資收入的人員不得在項目經費中列支人員費；第三是在人事聘用方面突出強調了以績效為核心的分級聘任制（《中共云南省委辦公廳云南省人民政府辦公廳關于印發〈云南省事業單位崗位設置管理實施意見〉的通知》云廳字[2007]13號）；第四是國家公益性行業科研專項及現代農業產業技術體系的啟動，農業科技項目從過度競爭逐步轉向穩定支持。2007年12月29日新頒布了《中華人民共和國科學技術進步法》（中華人民共和國主席令第八十二號）。這些情況的變化，需要對課題制試行管理辦法進一步優化調整，使之在促進科技人員創造性充分發揮的基礎上，又符合各類科技項目管理的要求，進一步提高研究所的規范管理水平，增強可持續性發展能力和整體創新能力。

第一章  課題主持人資格認證

第一條  課題主持人的產生，參照云南省學術和技術帶頭人后備人才定量考核及本所量化考核方法對前三年的業績進行評議，經所學術委員會考核并認證。

第二條  凡本所在職員工或客座研究人員，具有課題組織實施能力，能在所內外組織3人以上課題組的均可申請主持人資格。

第三條  大學科方向內可以有2～3個小的學科方向，原則上小的學科方向只設1個大的課題組或組群，相近的課題可并入大的課題組中，即只設主持人1～2人，多人申請可競爭上崗。

第四條  課題主持人必須具有實施課題相關的人、財、物的管理能力，按照國家法律、法規及單位的規章制度用人及用工，嚴格執行各類課題的管理規定，對實驗場地、設施及儀器設備物資進行有效管理和使用。

第五條  課題主持人經資格認證后，由單位法人代表授權委托開展相關的科研活動?？乒?、人事、財務及物資管理部門按有關管理辦法要求為課題服務。

第六條  課題主持人具有下列行為之一的，其資格經所學術委員會審議后取消：

1、有違法違紀行為，不能有效保障課題按計劃實施。

2、連續兩年不承擔項目，或課題組人均年度經費低于3萬元，不能保障學科發展的需要。

3、因主觀原因導致連續2個課題或項目未能按期結題驗收。

4、因主觀因素造成課題中止。

第二章  課題主持人的責任、權利和義務

第七條  課題主持人在所從事的學科方向上必須保障有持續穩定的課題，通過課題的實施形成優勢學科，并達到培養人才的要求。

第八條  課題主持人必須保障占用國有固定資產的保值和增值。

第九條  課題主持人有權自由組合課題組人員，按我國勞動法的要求，與課題組人員簽定相關聘用合同。

第十條  課題主持人具有本辦法規定的課題經費支出權限以及課題組人員課題酬金的分配權限。

第十一條  課題主持人的課題酬金根據課題經費及課題組人數，以及完成課題總目標后可能的經費結余情況，在有橫向項目結余經費可支配的前提下在課題年度經費的5%～8%的范圍內由科管、財務核實，分管所領導審批后由財務發放?？v向項目明確不得列支人員費或不得提取結余經費的，嚴格按項目經費管理規定執行。

第十二條  課題主持人經所法人代表委托，進行與研究方向相關課題的建議、申請等相關工作，并對課題的申報、立項和實施、結題驗收鑒定及報獎負有全權責任。

第十三條  課題主持人必須積極配合課題主管單位及院、所對課題的檢查評估，因事到國內外學習或其他工作變動必須做好相應安排，以確保課題按時按質按量實施、完成。

第十四條  課題主持人解聘課題組成員必須嚴格按照課題聘用合同及勞動合同法的要求執行，并向所里提出書面報告，經分管所領導同意后實施。解聘博士學位或副高職以上人員需提交所長辦公會批準。

第十五條  課題主持人根據課題主管單位及院、所要求，自主決定發表文章及申報專利，保證向社會提供客觀公正的實驗數據和科學觀點，文責自負。

第三章  課題組的組織和課題申報實施

第十六條  課題組由課題主持人按照雙向選擇的原則自由組合，并保障主持人及課題組成員在所從事學科和技術上的持續穩定發展，不得以權力影響或利益誘惑開展不正當競爭。

第十七條  課題組經組建后，要盡量保持相對的穩定性和連續性。原則上以課題實施周期而定，其人事和單位工資管理以主要崗位為主。

第十八條  課題組要積極參加單位舉辦的各類公益活動，主持人在工作安排上要保障其成員（含主持人）參加活動的時間和精力。

第十九條  課題的申報由主持人牽頭，組織調研、材料準備，開展課題投標、立項論證工作。

第二十條  課題立項后，堅持誰申報誰主持的原則。課題的調整須由申報人或主持人提交書面意見，課題主管單位同意后方可實施。

第二十一條  承擔重大項目的課題組，課題組內部根據課題管理要求和所里相關規定可制定項目實施的管理辦法，交科管科備案，涉及人事、財務的，交分管所領導、辦公室、科管科、財務科備案。

第二十二條  對已立項課題，因主持人工作變動，需結轉的課題（含主持人帶走的課題），必須經課題下達單位同意，接轉單位雙方協商，達成一致后方可辦理。

第二十三條  課題組應根據課題的需要及課題組成員的專長進行合理分工。課題組成員在確保計劃任務完成的前提下可承擔其它相關工作。

第二十四條  課題組成員應服從主持人安排，積極配合主持人完成好各項計劃任務。對拒不服從安排，工作任務完成不好的，主持人可視情況扣發獎酬金；情節嚴重的，可提請辭退。

第四章  課題經費使用管理

第二十五條  課題經費的使用管理必須嚴格遵守國家和有關課題下達單位的相關規定，在保障課題合同指標完成的前提下，根據中組部、人事部人發（2000）78號、中組部、人事部、科技部聯發文（2000）30文件精神，尤其在承擔橫向項目及科技服務創收方面搞活課題內部分配，充分調動科技人員的積極性，促進科技進步。

第二十六條  課題經費審批權限，5000元以內（含5000元）支出由課題主持人審批，必須堅持第二人驗收制度，屬于固定資產的進行資產登記，由課題組借出管理使用；5000元以上至10000元以內（含10000元）支出，由分管所領導審批，所領導主持的課題實行交叉審批；10000元至50000元以內（含50000元）支出由所長審批；50000元以上支出由所長辦公會審批；外協經費需負相關協議及項目預算由所長審批。

第二十七條  課題酬金提取，縱向經費明確不得提取的嚴格執行相關規定。橫向經費在確保合同任務完成的前提下，明確有人員費預算的按照預算提取，沒有明確的原則上不得超過總經費的30%，由主持人根據課題進展和經費結余情況（財務科核定），由主持人向科管科提出申請，分管所領導審批，根據課題組成員的分工和貢獻進行分配?？砂丛掳l放，其中按月發放部分應控制在可提取經費的50%以內；年底按課題評估及考核結果，發放可提取經費的50%作為酬金，由財務統一代扣所得稅，其余由主持人發放。主持人在結余經費內必須保障由課題開支的各類獎勵匹配的兌現和滾動發展基金。

第二十八條  課題組因工作需要，由主持人提出申請，經院、所審批，可自帶課題經費和實驗材料到國內外相關實驗室開展合作研究，達到多渠道培養人才和提高科研能力的目的。

第二十九條  院、所兩級提取的管理費按照課題相關管理辦法執行，橫向項目提取10%的管理費，列入課題預算中。課題管理費用于全所科研管理的公共開支，每年向全所職工公開收支情況。

第三十條  為充分利用所內場地和設備，逐步過度到課題的全成本核算，課題占用所內的場地按相關管理規定執行。為提高大型儀器設備的使用效率及對外的開放度，鼓勵課題組免費使用，但需承擔相關的水電費及耗材。場地使用費用于實驗室及設備維修維護，收支情況公開。人為造成場地、設備損壞的，必須分清責任，進行賠償和處罰。

第三十一條  課題新增的設備，按固定資產管理辦法管理。課題完成后，如所內其它課題組需要，辦理有關固定資產使用移交手續后，轉由其它課題管理、使用。

第五章課題成果及其轉化效益歸屬

第三十二條  各類科研、開發項目或課題，以單位名義申報承擔并占用所固定資產及工作時間完成的，課題成果屬單位所有，縱、橫向項目合同中已規定歸屬的按合同執行。

第三十三條  課題成果轉讓、轉化效益分配按照云農院發（2006）135號文《云南省農業科學院科技成果轉化利用管理細則（試行）》執行。

第三十四條  項目或課題完成后，課題組必須向單位提交實施課題所形成的固定資產和知識產權清單，單位對其享有所有權，課題主持人和課題組成員對研究材料有進一步研究和開發的權利。所里其他課題、部門或所外單位需要使用研究材料的，按有關所知識產權管理辦法執行。

第五章  附則

第三十五條  本辦法適用于以本所或云南省農業生物技術重點實驗室名義承擔的各類課題和課題組，其中課題經費指實際到位本所及使用掌握的經費?；窘ㄔO等專項項目按相關管理規定執行。

第三十六條  本辦法由所學術委員會負責解釋，科研管理科負責課題制實施的日常工作，其他部門配合。

第三十七條  本辦法經征求全所職工意見，以多數意見通過，報院辦公室、科技處、人事處、計財處、產業處備案后實施，原訂相關辦法與本辦法沖突的以本辦法為準。

    第三十八條  本辦法自2009年1月1日開始實施，如有相關新的規定與本辦法沖突的，及時修訂完善本辦法。